Smiltsērkšķu marafivīrusa kodēto proteīnu klonēšana, ekspresija un raksturošana

Simple item page
dc.contributor.advisorBaļķe, Ina
dc.contributor.authorLudviga, Rebeka
dc.contributor.otherLatvijas Universitāte. Bioloģijas fakultāte
dc.date.accessioned2022-06-22T01:02:23Z
dc.date.available2022-06-22T01:02:23Z
dc.date.issued2022
dc.description.abstractSmiltsērķšu marafivīruss (SBuMV) ir iepriekš neraksturots, smiltsērkšķus inficējošs vīruss. Tam ir divas atklātās translācijas fāzes (ORF), kur ORF1 kodē poliproteīnu, kas satur četrus proteīnu domēnus, bet ORF2 kodē apvalka proteīnu (CP). Šajā darbā tika izveidotas ekspresijas plazmīdas SBuMV kodētajiem proteīniem, taču E. coli sistēmā izdevās ekspresēt un attīrīt tikai abas CP formas un proteāzes (PRO) domēnu. Tika pārbaudīta PRO aktivitāte, PRO šķelšanas saits un verificēta PRO deubikvitināzes (DUB) aktivitāte. SBuMV mažorais CP E. coli spēj pašsavākties vīrusam līdzīgajās daļinās (VLP), bet minorais CP veido agregātus. Koekspresijas rezultātā, ja abas CP formas ekspresē no vienas plazmīdas, VLP pašsavākšanās ir traucēta, bet, ja abas CP formas ekspresē no dažādām plazmīdām, tad VLP veidošanās tiek ietekmēta minimāli. PRO un CP tika kristalizēti, taču neizdevās iegūt 3D struktūras. Tādēļ tās tika vizualizētas, izmantojot AlphaFold 2.0 programmu.
dc.description.abstractSea buckthorn marafivirus (SBuMV) is a previously not described sea buckthorn infecting virus. It has two open reading frames (ORF) where ORF1 codes a polyprotein, which contains four protein domains, but ORF2 codes coat protein (CP). SBuMV coded protein expression plasmids were created in this work, however it was only possible to express and purify in E. coli system both CP forms and the protease (PRO). PRO activity, PRO cleavage site and PRO deubiquitinase activity was tested in this work. SBuMV major CP can self-assemble in E. coli in virus-like particles (VLP), but minor CP aggregates. Using coexpression, if both CP forms are expressed from one plasmid, self-assembly is disturbed, but if they are expressed from two different plasmids, VLP assembly is minimally disturbed. PRO and CP were crystallized, however it wasn’t possible to acquire their 3D structures. For this reason they were visualized with AlphaFold 2.0 programme.
dc.identifier.other89674
dc.identifier.urihttps://dspace.lu.lv/dspace/handle/7/59265
dc.language.isolav
dc.publisherLatvijas Universitāte
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectBioloģija
dc.subjectMarafivirus
dc.subjectE. coli ekspresijas sistēma
dc.subject3D struktūra
dc.subjectnestrukturālie proteīni
dc.subjectapvalka proteīns
dc.titleSmiltsērkšķu marafivīrusa kodēto proteīnu klonēšana, ekspresija un raksturošana
dc.title.alternativeCloning, expression and characterization of sea buckthorn Marafivirus coded proteins
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/masterThesis
Files
Collections
Bakalaura un maģistra darbi (BF) / Bachelor's and Master's theses