Bioloģijas fakultāte / Faculty of Biology

Permanent URI for this community

https://dspace-dev.lu.lv/handle/7/68

Browse

Browsing Bioloģijas fakultāte / Faculty of Biology by Author "Akmeņkalns, Gatis"

Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Item
    HCV vīrusa genomu CORE/ARFP reģiona sekvenču analīze
    (Latvijas Universitāte, 2015) Akmeņkalns, Gatis; Jansons, Juris; Latvijas Universitāte. Bioloģijas fakultāte
    C hepatīta vīruss (HCV) – pieder flavivīrusu dzimtai. HCV ir apvalku saturošs vīruss. HCV var izraisīt tikai cilvēka un augstāko primātu slimības. C hepatīta vīrusa (HCV) ierosināta infekcija ir pasaulē izplatīts iemesls hroniskām aknu slimībām. Pret HCV vēl nav izstrādāta vakcīna. HCV ir pirmais vīruss, kas ir atklāts ar molekulārās klonēšanas palīdzību, bez tiešas bioloģisko vai biofizikālo metožu palīdzības. Galvenā HCV vīrusa īpatnība ir izteikta ģenētiskā mainība. ARFP (alternatīvās nolasīšanas rāmja proteīns) jeb F (nobīdes), jeb core +1 proteīns (17 kDa) ir radies ribosomu -2/+1 nobīdes rezultātā N-gala core -kodēšanas reģionā HCV poliproteīnā. Joprojām nav zināma ARFP bioloģiskā funkcija. Darba mērķis ir apgūt molekulārās bioloģijas metodes. Noteikt optimālo annealing temperatūru PCR reakcijai core/ARFP reģionam atbilstošo HCV genoma fragmentu amplificēšanai. Veikt HCV core/ARFP reģiona amplifikāciju un sekvenešanu no HCV hronisko pacientu seruma. Veikt iegūto PCR produktu klonēšanu un sekvenēšanu. Analizēt iegūtās sekvences. Noteikt a-ARFP un a- core antivielu klātbūtni pacientu asins serumos.
  • Thumbnail Image
    Item
    Imūnā atbilde pret HCV vīrusa ARFP proteīnu un HCV genomu core/ARFP reģiona sekvenču analīze
    (Latvijas Universitāte, 2017) Akmeņkalns, Gatis; Jansons, Juris; Latvijas Universitāte. Bioloģijas fakultāte
    C hepatīta vīruss (HCV) ir viens no galveniem smagu aknu slimību izraisītājiem, HCV hroniskā infekcija bieži beidzas ar aknu cirrozi un hepatocelulāro karcinomu. Saskaņā ar Pasaules Veselības Organizācijas datiem aptuveni 71 miljons cilvēku cieš no hroniskas HCV infekcijas. Katru gadu no HCV izraisītām slimībām mirst aptuveni 399000 cilvēku. HCV ir apvalku saturošs vīruss ar vienpaviediena RNS genomu un pieder flavivīrusu (flaviviridae) dzimtai. Tas izplatās, galvenokārt, ar asins starpniecību. HCV vīrusam piemīt augsta ģenētiskā mainība, kas traucē pretvīrusa vakcīnas izstrādi. HCV genomā ir iekodēts poliproteīns, kas pec translācijas tiek procesēts par vīrusa strukturāliem un nestrukturāliem proteīniem. HCV genomā N-galā atrodas alternatīvais nolasīšanas rāmjs, kas pārklajas ar core proteīnu kodēšjošo reģionu. Tās nolasīšanas rāmīs nesauūr ATG kodonu, tāpēc ARFP (alternatīvās nolasīšanas rāmja proteīns) tiek sintezēts ar ribosomas nobīdes mehānismu. Lai gan ir daudz pētīta, precīza ARFP bioloģiskā nozīme HCV dzīves ciklā nav zināma. Darba mērķis ir novērtēt ARFP proteīna imunogentitāti laboratorijas dzivnieku DNS imunizācijas eksperimentā un veikt HCV genomu core/ARFP reģiona sekvenču analīzi ar nolūku novērtēt core/ARFP sekvenču variantu ietekmi uz ARFP proteīna sintēzi. Darba rezultatā tika konstatēts, kā HCV ARFP ir imunogēns DNS imunizācijas eksperimentos, taču gadījumos, kad ARFP tika sintezēts no alternativā nolasišanas rāmja imunoatbilde pret to netika konstatēta. Visos darbā izmantotajos pacientu serumos atklātiem HCV vīrusiem tika noteikts 1b genotips. Visām iegūtajām HCV sekvencēm tika atrasts ARFP sintēzi izraisošs motīvs. Lielākoties noteiktais HCV ARF garums bija 143 kodoni, izņemot vienu, kura ARF garums ir 161 kodons. HCV ARFP sekvencēs tika novērota bieža aminoskābju nomaiņa. Anti-ARFP antivielu klatbūtne analizētos paraugus tika konstatēta pārāk reti, lai veiktu korelācijas analīzi ar augstu būtīskumu.