Bioloģijas fakultāte / Faculty of Biology
Permanent URI for this community
Browse
Browsing Bioloģijas fakultāte / Faculty of Biology by Author "Ābols, Artūrs"
Now showing 1 - 5 of 5
Results Per Page
Sort Options
- ItemAnaerobās mikrobiotas kultivēšana un analīze, pielietojot zarnas uz čipa bez PDMS polimēra(Latvijas Universitāte, 2022) Movčana, Valērija; Ābols, Artūrs; Latvijas Universitāte. Bioloģijas fakultāteIr pierādīts, ka zarnu mikrobiota korelē ar vēža attīstību, kas iespējams notiek pateicoties baktēriju ārpusšūnu vezikulām (BEV). Taču šobrīd cilvēka mikrobiotas komunikācijas mehānismu izpēta ar saimniekorganimsa šūnām ir komplicēta. Kā viena no perspektīvākām in vitro testa sistēmām šo metožu petīšanai ir zarnas uz čipa (GOC) modeļsistēmas. Līdz ar to šī darba mērķis ir izveidot GOC modeli, kas ļautu kultivēt anaerobu cilvēka zarnu mikrobiotu izdalītu no fēču parauga. Darba laikā tika izveidots inovatīvs GOC modelis, lai kultivētu un analizētu cilvēka anaerobu mikrobiotu un to BEV. Pēc rezultātiem tika secināts, ka ir izdevies izdalīt anaerobu mikrobiotu un ka jaunizveidotie GOC ir pielietojami anaerobas mikrobiotas BEV pētījumiem. Atslēgas vārdi: zarnas uz čipa, zarnu mikrobiota, baktēriju ārpusšūnu vezikulas, kanceroģenēze
- ItemAugstas kapacitātes ārpusšūnu vezikulu izdalīšana ar plūsmas lauka frakcionēšanas metodi mikrofluīdikā(Latvijas Universitāte, 2021) Erentraute, Sintija; Ābols, Artūrs; Latvijas Universitāte. Bioloģijas fakultāteVisas šūnas, tostarp vēža šūnas, izdala nanoizmēra ārpusšūnu vezikulas (EVs), kas satur svarīgas biomolekulas – miRNS, proteīnus un daudzas citas. EVs nodrošina šūnu savstarpējo komunikāciju, regulējot gan normālos gan patoloģiskos apstākļus. Šobrīd tās ir intensīvi pētītas kā potenciālie biomarķieri dažādu slimību diagnostikā un terapijā. Neskatoties uz EV priekšrocībām to izolēšanas metodes kavē EV pielietojumu klīniskajos pētījumos. Uz doto brīdi ir izstrādāti dažādi risinājumi pielietojot mikrofluīdikas ierīces, kas neietekmē EV integritāti un tām ir laba atkārtojamība, taču šīs ierīces ir domātas maza tilpuma paraugiem - serumam un asinīm. Šī darba mērķis ir izveidot mikroiekārtu, kas izdala totālo EV daudzumu no liela tilpuma paraugiem (>10 mL) un ar augstu efektivitātes līmeni (>90%). Tika izveidots kontroles paraugs, ar kuru tika testēts PDMS (polidimetilsiloksāns) un dažādu citu mikrofluīdikas materiālu EV un mazmolekulāro hidrofobisko molekulu absorbcijai. OSTE (Off-stoichiometry thiol-ene polymer) no visiem testētajiem materiāliem tika atrasts kā vispiemērotākais mikrofluīdikas ierīču izveidē, kas būtu domāts EV izolēšanai. Tika izgatavots PDMS materiāla mikroiekārtas prototips uz kura tika optimizēti parauga ievadīšanas spiedieni izmantojot kontroles paraugu. Tika noskaidrots, ka mazāki spiedieni sniedz labākus rezultātus, taču ir nepieciešams veikt turpmāko šo iekārtu optimizāciju un iekārtu izgatavošanas protokolu optimizēšanu no OSTE.
- ItemMikroRNS kā audu un serumu biomarķieri vairogdziedzera vēžu diagnostikā(Latvijas Universitāte, 2011) Andrējeva, Diāna; Ābols, Artūrs; Latvijas Universitāte. Bioloģijas fakultāteKOPSAVILKUMS Vairogdziedzera vēzis ir izplatītākais endokrīnais audzējs. Ļaundabīgus audzējus histoloģiski iedala - papillārā (PTC), folikulārā (FTC), anaplastiskā (ATC) un medulārā (MTC) karcinomā, folikulārā adenoma (FA) ir labdabīgs vairogdziedzera audzējs. Labdabīgi mezgli ir normāla parādība pieaugušo populācijā, pēc 50 gadiem 50% populācijas histopataloģiski tiek atklāti labdabīgi mezgli, bet tikai 5% no tiem ir ļaundabīgi. MiRNS tiek uzskatītas par vienu no progresīvākajiem biomarķieru veidiem šāda testa izstrādei (Calin and Croce, 2006). Dažādos audzējos eksperimentāli pierādīts, ka miRNS ekspresijas profils var atšķirt labdabīgus un ļaundabīgus audzējus, kā arī sadalīt tos apakš tipos daudz veiksmīgāk nekā, piemēram, mRNS profils. Izmantojot zināmo literatūru tika izstrādāta pieeja vairogdziedzera vēža miRNS biomarķieru atlasei. Izvēlētā pieeja šo miRNS atlasei ir izmantojama miRNS biomarķieru detektēšanai audos, bet ne seroloģisku biomarķieru identificēšanai. Iespējams, tieša serumu miRNS profilēšana ļautu efektīvāk atlasīt tālāk analizējamās miRNS seroloģisku biomarķieru testēšanai. Kā arī interesants virziens turpmākajiem pētījumiem būtu atlasīto vairogdziedzera karcinomu miRNS biomarķieru mērķa gēnu identificēšana un funkcionālie pētījumi. Bakalaura darbs tika izstrādāts no 2009. līdz 2011. gadam Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā projekta „Vairogdziedzera audzēju veidošanās molekulāro mehānismu izpēte un kompleksa biomarķieru identificēšana” (LZP 09.1310) ietveros, A. Ābola un A. Linē vadībā.
- ItemPlaušas uz čipa modeļa izveide SARS-CoV-2 pētīšanai(Latvijas Universitāte, 2021) Galvanovskis, Artis; Ābols, Artūrs; Latvijas Universitāte. Bioloģijas fakultāteKopš 2019. gada beigām pasauli plosa SARS-CoV-2 izraisītā COVID-19 pandēmija. Lai gan COVID-19 vakcīnas ir tikušas izstrādātas rekordlielā ātrumā, pandēmija ir akcentējusi nepieciešamību padziļināti pētīt koronavīrusus, kā arī sagatavoties nākotnes respiratorām infekcijām. Lai nodrošinātu ātru atbildi pret jaunām respiratorām infekcijām, ir jāpilnveido in vitro modeļi, kas ļautu ātrāk pārprofilēt esošās zāles un izstrādāt jaunas priekš šīm infekcijām. Ņemot vērā orgānu uz čipa sistēmu pielietošanu dažādu slimību pētniecībā, šajā bakalaura darbā tika izveidota plaušas uz čipa sistēma. Tajā tika optimizēta funkcionalizēšana, plūsma un šūnu uzsēšana. Tā tika raksturota ar imūnfluorescenci un 3D mikroskopiju. Tika novērota veiksmīga A549 un HUVEC kopkultūra un validēts 3D izkārtojums. Tika izskaidroti soļi tālākai sistēmas uzlabošanai.
- ItemVēža šūnu ekstracelulāro vezikulu frakcionēšana un raksturošana(Latvijas Universitāte, 2014) Cīrulis, Aivars; Ābols, Artūrs; Latvijas Universitāte. Bioloģijas fakultāteEkstracelulārās vezikulas (EV) piedalās šūnai nevajadzīgo proteīnu aizvākšanā, starpšūnu komunikācijā, piemēram, pārnesot RNS, kā arī vīrusu daļiņu izplatīšanā. Pētījumi ir parādījuši, ka audzēju šūnu izdalītās vezikulas spēlē nozīmīgu lomu vēža attīstībā un tās var kalpot par biomarķieriem. Darba mērķis bija raksturot un salīdzināt plaušu vēža šūnu līniju COR-L23 izdalīto eksosomu un mikrovezikulu bagātinātas frakcijas, kā arī RNS saturu tajās. Pielietojot diferenciālcentrifugāciju un gēlfiltrāciju, tika iegūtas tīras eksosomu un mikrovezikulu frakcijas, kas tika apstiprinātas ar TEM un Western blotu. Pētījumā tika noskaidrots, ka rRNS daudzums vezikulās, salīdzinot ar šūnām, ir niecīgs. Tika izveidotas un nosekvenētas šūnu, mikrovezikulu un eksosomu pilna transkriptoma bibliotēkas ar Ion Proton™ sistēmu, kas sniedz iespēju veikt tālākas analīzes un rast atbildi uz dažādiem jautājumiem, piemēram, vai RNS profili būtiski atšķiras starp dažādiem EV veidiem. Atslēgvārdi: Mikrovezikulas, Eksosomas, Jaunās paaudzes sekvenēšana, Vēzis